ฝูงบิน ทร.๓๑/๔๑ :เป็นหน่วยขึ้นการควบคุมทางยุทธการกับกองกำลังป้องกันชายแดนจันทบุรี-ตราด (กปช.จต.) มีภารกิจในการสนับสนุน กปช.จต.ประกอบด้วย ๒ หมวดบิน คือ

• หมวดบิน ๓๑ มีที่ตั้งอยู่ที่สนามบินเนินเขาพลอยแหวน อ.ท่าใหม่ จ.จันทบุรี
• หมวดบิน ๔๑ มีที่ตั้งอยู่ที่กองพันทหารราบที่ ๒ กองพลนาวิกโยธิน (พัน.ร.๒ พล.นย.) ค่ายตากสิน จ.จันทบุรี

หมวดบินเฉพาะกิจกองทัพเรือภาคใต้(มวบ.ฉก.ภต.):เป็นหน่วยขึ้นการควบคุมทางยุทธการกับหน่วยเฉพาะกิจนาวิกโยธินภาคใต้ (ฉก.นย.ภต.)และกองอำนวยการรักษาวามมั่นคงภายในเขต ๔/๑ (กอ.รมน.เขต ๔/๑) มีภารกิจในการสนับสนุน ฉก.นย.ภต. มีที่ตั้งอยู่ที่สนามบินบ้านทอน จ.นราธิวาส

หมวดบินเฉพาะกิจกองปฏิบัติการทัพเรือภาคที่ ๒(มวบ.กปก.ทรภ.๒) :ประกอบด้วย

• หมวดบินเฉพาะกิจทหารเรือสงขลา (มวบ.สข.)

    เป็นหน่วยขึ้นการควบคุมทางยุทธการกับทัพเรือภาคที่ ๒ (ทรภ.๒) มีภารกิจลาดตระเวนสนับสนุนหน่วยปฏิบัติการภาคใต้ (นปต.)ในอ่าวไทยใต้เส้นละติจูด ๑๐ องศาเหนือลงมา มีที่ตั้งอยู่ที่สนามบินทหารเรือสงขลา โดยมีการวางกำลังอากาศยานไว้ ๒ แบบ คือ

เครื่องบินลาดตระเวนแบบที่ ๑ [บ.ลว.๑ :DO - 228]

เฮลิคอปเตอร์ลำเลียงแบบที่ ๔ [ฮ.ลล.๔ :S - 76B]

• หมู่บินลาดตระเวน (มบว.)

    เป็นหน่วยขึ้นการควบคุมทางยุทธการกับทัพเรือภาคที่ ๒ (ทรภ.๒) มีภารกิจลาดตระเวนทางทะเลเพื่อสนับสนุนภารกิจของทัพเรือภาคที่ ๒ มีที่ตั้งอยู่ที่สนามบินทหารเรือสงขลา โดยมีการวางกำลังอากาศยานไว้ ๑ แบบ  คือ

เครื่องบินตรวจการณ์ชี้เป้าแบบที่ ๑ [บ.ตช.๑ :T - 337]

หมวดบินเฉพาะกิจกองปฏิบัติการทัพเรือภาคที่ ๓(มวบ.กปก.ทรภ.๓):มีภารกิจในการตระเวน ค้นหาและช่วยเหลือผู้ประสบภัยทางทะเลในพื้นที่ทัพเรือภาคที่ ๓ (ทรภ.๓) มีที่ตั้งอยู่ที่สนามบินนานาชาติภูเก็ต โดยมีการวางกำลังอากาศยานไว้ ๒ แบบ  คือ

เครื่องบินลาดตระเวนแบบที่ ๑ [บ.ลว.๑ :DO - 228]

เฮลิคอปเตอร์ลำเลียงแบบที่ ๔ [ฮ.ลล.๔ :S - 76B]

หน่วยบินรักษาความปลอดภัยทางทะเล กองทัพเรือ(นบภ.ทร.):มีภารกิจรักษาความปลอดภัยแก่นักท่องเที่ยว เรือท่องเที่ยว ประชาชนทั่วไปที่ใช้ทะเลเพื่อการต่างๆ รวมทั้งการค้นหาและช่วยเหลือผู้ประสบภัยทางทะเล มีที่ตั้งอยู่ที่สนามบินนานาชาติภูเก็ต โดยมีการวางกำลังอากาศยานไว้ ๑ แบบ คือ

เฮลิคอปเตอร์ลำเลียงแบบที่ ๔ [ฮ.ลล.๔ :S - 76B]